پس از اینکه بیمار و درمانگر، افکار منفی را شناسایی و مقوله بندی کردند و چگونگی ارتباط آنها را با افسردگی ، اضطراب و خشم متوجه شدند، وارد مرحله چالش و ارزیابی این افکار می شوند.
این نکته مهم را را باید به خاطر بسپاریم که افکار منفی گاهی اوقات درست از آب در می آیند. شناخت درمانی به دنبال ایجاد مثبت اندیشی نیست، بلکه بیشتر به دنبال شناسایی ماهیت افکار است. برخی از افراد پیامدهای منفی رفتارهایشان را دست کم میگیرند.مثل : افراد مبتلا به سوءمصرف الکل.
باوجود این همزمان با چالش افکار درمانگر ممکن است از بیمار بخواهد که از چالش جدی با افکار فراتر رفته و از طریق زیرسوال بردن فعالانه افکار منفی ، تفسیرهای ناسازگارانه و جدیدی ارائه دهد.